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成对,NCSU寻找最能确定浆果的基因

自从我们成为狩猎采集者以来,人类一直在追求最好的浆果。

在最近几个世纪,种植者试图培育出理想的品种。味道,抗旱和抗病的特性,更长的保质期,甚至消除茎的刺,更容易收获。

现在研究三角公园的植物基因组学启动Pairwise和北卡罗来纳州立大学正在合作在一个独特的公私合作伙伴关系中,大大加速了这一进程。新的“食品集团”包括美国农业部位于俄勒冈州Corvallis的工厂,总部位于加利福尼亚州的Plant Sciences,Inc。阿肯色大学和康奈尔大学

他们的研究将包括两年的田间试验,其中包括300多种独特的物种和悬钩子属,以鉴定和表征其遗传多样性。悬钩子属植物是玫瑰家族中开花植物的大型多样性种,包括黑莓,覆盆子,黑莓和其他具有荆棘木质茎的植物。它们被称为“caneberries”,因为它们生长在称为藤茎的木质茎上。种质是从相同物种和地点收集的相关植物材料。收集它们是为了捕捉特定植物种群的多样性。

该研究的目的是确定野生和驯养品种的自然遗传多样性如何改善育种结果,以及基因编辑如何作为向消费者和种植者带来新的和更好的浆果的工具。

最后,他们将公开分享他们的数据 - 关于全基因组,重新测序和表型分析的信息(所有公共线路的可观察的物理特性,使其他研究人员能够进行额外的研究,并加速育种申请。

“我们创立了Pairwise,认为这项技术还有很多[基因编辑]要做的事情。而不仅仅是对玉米和大豆等传统技术作物的研究,“迪斯顿的首席执行官兼孟山都全球生物技术副总裁Tom Adams博士说。 “要解决的问题确实存在问题,即为人们提供健康食品。”

“美国人口不到20%每天推荐的水果和蔬菜量,“他补充道。 “我们认为部分原因是水果和蔬菜的便利性和可用性很有吸引力,而这种技术可以帮助实现这一目标。我们的使命是通过改良作物来提高水果和蔬菜的消费量,并使其更容易为人们所用。“

这项研究的重点是用于新鲜食用的caneberries品种,而不是提出的浆果。加入到果酱,果冻和其他食品中,两位产品发现负责人Ryan Rapp博士补充说。

“巨大的自然变异池”

“我们认为消费者没有经历过巨大的自然变异,“亚当斯说。

这个过程鉴于哪些基因与哪些性状相关,然后使用基因编辑工具培育出最好的浆果与开发转基因或转基因浆果不同,Adams强调。

“我们正在加速传统育种计划会做,“亚当斯说,没有将来自不同生物体的任何基因引入植物,这就是转基因生物中发生的事情。

两种方式为这项研究提供资金来自一轮2500万美元的A轮融资拉普说,公司去年关闭了。 PSI还在加利福尼亚州的植物材料收集,繁殖,表型分析和试运行方面共同资助该研究。与大学研究人员合作的目的是利用他们的专业知识以及与t共享数据学术界继续研究。

来自NCSU的研究人员包括Gina Fernandez,博士,园艺科学教授以及北卡罗来纳州草莓,覆盆子和黑莓育种计划的负责人。她在全州范围内负责黑莓和覆盆子。还涉及园艺科学助理教授Hamid Ashrafi博士,他专门研究植物遗传学。 Ashrafi将为该项目执行生物信息学。

“Rubus社区是一个非常密切的社区,我们总是共享数据,我们一直很好地合作,”Fernandez说。她指出,阿肯色大学研究员,玛格丽特沃辛顿博士,水果育种和遗传学助理教授,博士她在NCSU获得博士学位。

费尔南德斯的团队将在索尔兹伯里罗文县社区的皮埃蒙特研究站种植五种基因型的甘蔗 - 两种覆盆子,两种黑莓和一种黑莓。其他大学的研究人员将在他们的位置种植相同的五个。在两个季节中,他们将各自收集相同的表型数据,例如第一次开花的时间,颜色,荆棘的存在和位置,甘蔗颜色,果实大小等,关于它们各自位置的植物。同时,Pairwise将收集和处理与这些表型特征相关的基因组数据,以及大约700种Rubus总数中的另外300种的类似数据。由此产生的大数据集将实现广泛的统计分析。

“这是前所未有的,Pairwise [一家私营公司]将生成所有这些基因组数据并与我们分享,”Fernandez说。

关于Pairwise

该公司成立于2018年3月。除首席执行官亚当斯外,Haven Baker博士还是首席商务官。其他创始人是:张凤,博士,麻省理工学院和哈佛大学广泛研究所的成员,麻省理工学院麦戈文脑研究所的研究员,以及麻省理工学院的詹姆斯和帕特里夏普瓦特斯神经科学教授以及麻省理工学院的开发者。 CRISPER-Cas9系统用于真核细胞中的基因编辑; David Liu,博士,哈佛大学化学与化学生物学教授,Broad研究所教授,霍华德休斯医学研究所研究员;和J. Keith Joung,博士,博士,研究病理学副主任和马萨诸塞州综合医院的Jim和Ann Orr研究学者。

该公司将在今年秋季将其研发员工和管理人员搬到达勒姆金腰带的新总部空间。校园,该公司85名员工中约有15至20名留在其研究三角园区的工厂增长设施。

亚当斯表示,Pairwise预计今年将再招聘10名员工,并将员工人数增加10%至15%在接下来的几年中每一年。他认为北卡罗来纳州生物技术中心协助该公司在北卡罗来纳州成立,并作为在该地区建立协作网络的资源。

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